Le Centre Hospitalier de Gonesse est un établissement public. Le Directeur Général, M. Jean-Pierre Burnier, est responsable du fonctionnement de l'établissement.
 
- L'équipe de direction :
 
M. Jean-Pierre Blazy
Président du Conseil de Surveillance
M. le Dr François Venutolo
Président de la Commission Médicale d'Établissement
M. Jean-Pierre Burnier
Directeur Général
Mme Martine Autran
Directeur du Système d'Information
Mme Anick Bourbousson
Directeur du Service de Soins - Coordonnateur des Soins
Mme Aline Coudray
Directeur des Services Économiques et Logistiques
Mme Michel Demarquette
 Directeur des Constructions et du Patrimoine
Mme Isabelle Frassa
 Directeur des Soins
Mme Valérie Gasser 
Directeur des Affaires Financières, Analyse et Contrôle de Gestion
Mme Françoise Gonzalez Directeur de l'École Paramédicale
M. Frédéric Jambon Directeur des Ressources Humaines
M. Florent Bousquié
 Directeur des Affaires Médicales et de la Stratégie Médicale, de la Clientèle, de la Communication, de la Qualité et de la Gestion des Risques
 
-  Le Directoire :
 
Le Directoire approuve le projet médical et prépare le projet d'établissement. Il conseille le directeur et est obligatoirement concerté sur l'ensemble des compétences octroyées au directeur, président du Directoire.
La composition du Directoire, à majorité médicale, pharmaceutique, maïeutique et odontologique, qui comprend également le président de la CSIRMT, est une garantie de prise en compte des préoccupations des professionnels de santé dans toutes les décisions de la vie institutionnelle de l'établissement. Le Directoire est donc une instance de dialogue qui éclaire, en amont, la décision du président du Directoire, en assure le relais, et en facilite la déclinaison au niveau des pôles.
 
La composition du Directoire : 
M. Burnier, Directeur Général
Mme Gasser, Directeur Adjoint des Affaires Financières
Mme Bourbousson, Directeur des Soins
M. le Docteur Venutolo, Président de la CME
Mme le Docteur Fontrouge, Chef de pôle Médico-technique
Mme le Docteur Barrois, Chef de service Médecine Pgysique et de Réadaptation
Mme le Docteur Séret Bégué, Chef de pôle Spécialités Médicales et Cardiologie
 
- Le Conseil de Surveillance :
 
Les compétences du Conseil de Surveillance sont de plusieurs ordres :
  • un rôle général : se prononcer sur la stratégie et exercer le contrôle permanent de la gestion ;
  • un rôle décisionnel : à titre essentiel, délibérer sur le projet d'établissement ainsi que sur le compte financier et l'affectation des résultats ;
  • un rôle consultatif : à titre essentiel, la politique qualité de l'établissement ;
  • un rôle de proposition en matière de communauté hospitalière de territoire ;
  • le Conseil est informé principalement sur l'EPRD et le programme d'investissements ;
  • un rôle de nomination du commissaire aux comptes au plus tard pour les comptes 2014.

La composition du Conseil de Surveillance :
 
Représentants des collectivités territoriales :
M. Blazy (maire de Gonesse),
M. Anicet (maire adjoint),
M. Paré (maire adjoint de Garges Les Gonesse),
M. Louis (maire de Goussainville),
Mme Gris (représentant du Conseil Général du département du Val d'Oise).
Représentants du personnel médical et non médical :
Mme Lame (représentant de la Commission de Soins Infirmiers, de Rééducation et Médico-Techniques),
M. le Dr Piant et M. le Dr Sebbah (représentants de la Commission Médicale d'Etablissement),
M. Touil et M. Martin (représentants désignés par les organisations syndicales).
Personnalitées qualifiées :
Mme Pelletier et M. le Dr Pes (personnalités qualifiées désignées par le Directeur Général de l'ARS),
M. Bernard-Wendt (ILCO Val d'Oise) et Mme Petremann-Glaisner (UNAFAM) (représentants des usagers désignés par le Préfet du Val d'Oise),
M. Baratter (personnalité qualifiée désignée par le Préfet du Val d'Oise).